Primeros pobladores a la conquista
Los primeros pobladores del norte del Cesar y Sur de La Guajira, en épocas precolombinas, fueron los indios chibchas y arawack; de esta mezcla se formaron los Chimilas, cuya zona de influencia se extendía, prácticamente, sobre todas las tierras bajas entre la Sierra Nevada y el Río Magdalena. Al norte el descenso del río Ranchería marcó los límites con la nación guanebucan, guajira o wayuu.
Los Chimilas Upares tenían diferentes asentamientos, además de los Itotos que habitaban la región que hoy corresponde a los Municipios de Villanueva y Urumita, estaban los Cariachiles que habitaron las regiones de Fonseca, Barrancas y sus alrededores como lo demuestran estudios arqueológicos realizados, hasta más al sur, en El Molino. Además existían más al sur, en el Cesar, los guanos, tupes, chiriguanaes, chimichagues, tamalameques, coyaimas, pampanillas, guarupares, ijcka o arhuacos que habitan en la Sierra Nevada.
Los indios Chimilas eran alfareros; grandes cazadores, preciadores de la música interpretaban con diversos instrumentos: practicaban las danzas y poseían instrumentos aerófonos, idiófonos, y membranófonos de fricción y percusión; dominaban magistralmente las gaitas y llegaron a alcanzar la organología trifónica constituida por tambor, flautas y guacharaca, precioso idiófono de fricción que se heredó de ellos.
Sus casas eran bohíos circulares, hechos en palma y vara con techo cónico y coronados en el vértice con una olla de cerámica. En conjunto formaban rancherías que se comunicaban una con otra por redes de caminos. Probablemente en sus alrededores había grandes zonas de cultivo, en donde se producía maíz, algodón ñame, fríjol, batata, achiote, tabaco, auyama, abundante caña brava como materia prima para la elaboración de las flechas; sembraban, además, diversas cañas que utilizaban en la elaboración de pitos y flautas, cultivaban con esmero frutales, como guayaba, guanábana, níspero, papaya, piña, chirimoya. Para el almacenamiento del maíz y otros productos agrícolas construían grandes caneyes. Conocían la apicultura; en colmenas de calabazos y cerámica cultivaban la abeja sin aguijón comúnmente llamada en el Valle de Upar “cargabarro”, de excelente miel, que causó sorpresa a los españoles.
Villanueva floreció en uno de los asentamientos de la tribu indígena de los Itotos, perteneciente a la gran nación Chimila, ubicado en la margen izquierda del Río Villanueva, que era la más densamente poblada de toda su zona de influencia. La ranchería ubicada en donde está asentado el pueblo era denominada por los indígenas como “Timiraguaco”, que en su dialecto significaba ‘aldea grande’. Al parecer tenían a su mando una sucesión de caciques denominados Canopanes, haciendo extensiva esa denominación a la casta, y en la cual se supone está basada parte de las raíces ‘visibles’ de nuestra estirpe. Existe una referencia, la del reverendo padre Silvestre Leoncio Daza citada por Asael de Jesús Ramírez en su monografía, que reseña antiguas partidas de bautismo del año 1828 que prueban la existencia del cacique de los Itotos José Eusebio Canopán, quién se casara con Maria Cuello, unión desde la cual se desprenden descendientes que se mantienen a casi dos siglos de distancia; en este sentido cabe destacar el testimonio del doctor Tomás Canopán Cabello López (q.e.p.d) quién en vida hizo un recuento del árbol genealógico con ligaba sus antepasados a dicho cacique.
Los primeros conquistadores que probablemente recorren la zona de Villanueva los de la expedición de los alemanes Ambrosio Alfinger, Jorge Spira, y Felipe Hunten, en 1530. Habían partido de Maracaibo y luego de doblegar a los Cariachiles que habitaban en la región que hoy es el Municipio de El Molino combatió en la ranchería Timiraguaco (hoy Villanueva) de los Itotos, quienes también fueron dominados utilizando perros de presa y armas poderosas. Seguirían su rumbo hacia el Zazari (Río Cesar) hasta llegar a las regiones de Ocaña, Bucaramanga y cerca a Pamplona donde moriría Alfinger.
Fundación
En el año de 1662 fue nombrado don Roque de Alba por el gobernador de Valledupar para que hiciera la fundación del pueblo de indios o ranchería de los Canopanes y cuyo nombre, en efecto, fue cambiado por el de Santo Tomás de Villanueva. El 18 de septiembre y bajo el patrono de Santo Tomás se efectuó la fundación, obsequiando su fundador, español, Valenciano, la imagen de Santo Tomás que aún posee el pueblo. Esta versión de la fundación de Villanueva, si bien es la oficial, y está documentada por el presbítero Silvestre Leoncio Daza, por el educador y poeta Rafael Antonio Amaya, y por Manuel Fernández Frías, es desvirtuada por algunos estudiosos del tema, entre ellos Azael de Jesús Ramírez quién afirma que “hasta la fecha no se conoce documento alguno o más o aún acta de fundación sobre Villanueva” y agrega “Seguimos pensando que Roque de Alba no fundó a Villanueva. En varias oportunidades nos hemos dirigido al ayuntamiento de Valencia (España) para que nos suministren información sobre la biografía de Roque de Alba, y siempre nos han contestado no saber nada sobre la existencia de este caballero. Por otro lado nos hemos dirigido a la Academia de Historia de Bogotá sobre el mismo tema, y nos dan la misma respuesta.”. Manifiesta también don Azael con respecto a la cita que hace el ilustre educador Rafael Antonio Amaya, quién afirma que en la pagina 322 de la obra histórica del obispo Lucas Fernández Piedrahíta este menciona a Roque de Alba como fundador de Villanueva, “al revisar la obra, nos encontramos que en la citada pagina 322 de la edición de 1881 de la obra de Fernández Piedrahíta, no reposa el aludido dato”.
Ramírez en su monografía hace mención a estas versiones que existen acerca de la fundación de Villanueva. Se plantea otra, según la cual, Villanueva comienza a figurar como pueblo importante en la provincia de Valledupar, del viejo Magdalena Grande en 1663, con la llegada a esta región del misionero dominico San Luís Beltrán y la construcción de una pequeña capilla para con la que se buscaba catequizar nuestros indígenas. El lugar quedó con el nombre de ‘San Luís’ en el lugar en donde hoy se encuentra el barrio con el mismo nombre. Con el aumento de la población debido a la llegada de gentes de El Molino, Badillo, Valencia de Jesús y Valledupar, el pueblo se conoció como pequeña ‘Villa’. Más tarde ‘La Villa’. Y con la traída de Santo Tomás, por parte de los jesuitas españoles el poblado quedó definitivamente con el nombre de ‘Santo Tomás de Villanueva’ en honor al santo patrono.
Pero además, se esboza en la monografía otra hipótesis que sostienen algunos historiadores que afirman que Villanueva fue fundada por el capitán Salvador Feliz Arias en 1700.
En fin, que se tenga noticia, Villanueva comenzó su vida urbanística en el Barrio San Luís, tal vez por su cercanía al río; Fue llamado así en honor a San Luís Beltrán, a quién se le conmemora con fiestas religiosas el 11 de octubre de cada año. En este sentido el padre Silvestre Leoncio Daza afirma que la primera ermita fue construida en el barrio San Luís, en inmediaciones de lo que hoy es la calle 11 con carrera 5. Allí oficiaron misa los primeros 4 curas de Villanueva. Era de bahareque, el techo de palma de vara, el piso de tierra pisada y tenía tres naves, una central y o dos laterales.
Finales del siglo XIX hasta hoy
En el año 1887, según el censo, Villanueva tenía 2970 habitantes, 1270 varones y 1700 mujeres. Contaba con 477 casas, la mayoría de bahareque y adobe con pisos de baldosa de barro cocido. Existía la costumbre de blanquearlas con cal y algunas de rosado. Estas casas estaban distribuidas en 11 calles y cuatro callejones o carreras con nombres tan folclóricos como, Calle Canopán, Calle del Padre, Carrera de Pedro Zambrano, Carrera de la Acequia, Carrera del Cementerio, Calle de las Piedras, etc.
Al terminarse el siglo XIX en Villanueva se producía café, cacao, maíz, algodón, maní, manteca de cerdo, tabaco en rama, cebolla, cebollón, ajos, coles, borraja, plátano, yuca, aguacates, nísperos, zapotes y naranjas. Existía la producción de velas de cebo, jabón, almidón, alpargatas, mochilas de hilo, hicos de maguey y de majagua, sobreros de hiraca, y finos de jipijapa, hamacas y chinchorros. En 1885 existieron seis talleres de carpintería, tres de platería, uno de herrería, uno de mecánica, uno de hojalatería, dos de calzado, y uno de talabartería. Tres hornos de quemar cal, y tres ladrilleras. En consecuencia de su pujante desarrollo Villanueva figuró dentro del Cantón de San Juan del Cesar en la Provincia de Riohacha. Después su floreciente desarrollo le dio la categoría de distrito de la Provincia de Padilla en 1832, siendo su primer alcalde Don José Ramírez. Hasta el año 1848 se reúne el cabildo que tuvo por presidente a don Antonio Baquero. El primer Juez Promiscuo fue don Simón Curvelo.
En 1833 el segundo alcalde don Joaquín López, compró el solar donde funcionaría la primera Casa Municipal, que era de bahareque, techos de cogollo de caña de azucar y pisos de tierra pisada. En 1908 se hizo una remodelación y el techo fue cambiado por zinc y el piso por baldosas de barro cocido.
Perteneció al Estado soberano del Magdalena Grande hasta 1871 cuando se crea La Guajira 
como parte de los Territorios Nacionales. Luego perteneció al Departamento del Magdalena haciendo parte de la Provincia de Padilla hasta 1954 cuando se vuelve a crear la Intendencia de La Guajira y Riohacha es declarado municipio; La Intendencia de La Guajira había sido creada por primera vez en 1898 y años después fue denominada Comisaría de La Guajira en 1911. En 1964 fue creado el Departamento de La Guajira por la Ley 19 de 1964, cuyo ponente fue el Doctor José Ignacio Vives Echeverría siendo él su primer Gobernador.
El 7 de Marzo de 1920 en una modesta casa de la denominada Calle San Pedro abrió sus puertas al publico el Colegio Santo Tomás, gracias a su fundador y director, el perínclito educador Rafael Antonio Amaya, quién por muchos años a lo largo de su vida impartió, con su lucidez y su don de excelente pedagogo, conocimientos y valores éticos a varias generaciones de Villanueveros, que hoy en día todavía reconocen su excelente labor, la cual le valió el reconocimiento de ser de los educadores más respetado de la región.
Más tarde en 1935 fue fundado por los misioneros capuchinos el Colegio La Sagrada Familia. Luego de que Rafael Martínez y Constantino Baquero donaron el lote y los misioneros en cabeza de Monseñor Bienvenido financiaran la construcción de los locaciones cuyos diseños fueron hechos por el arquitecto y reverendo padre Ernesto de España, entró en funcionamiento en el lugar en donde hoy se mantiene. Estuvo bajo la dirección del Vicariato de La Guajira hasta 1960, año de sus bodas de plata; desde entonces la congregación de las Hermanas Terciarias Capuchinas han conducido con decoro la institución perteneciendo a la diócesis, prestando un ivaluable servicio educativo a los villanueveros. En 1983 fue aprobado por el Ministerio de Educación Nacional el bachillerato comercial en esta institución.
En 1936, fue aprobada por la Asamblea Departamental del Magdalena la primera partida para el inicio de la construcción del acueducto de Villanueva. Se construyeron además de algunas redes en tubería de hierro, la bocatoma y el tanque de almacenamiento. La primera planta de tratamiento de inauguró en abril de 1980. En 1963 se le dio inicio a la construcción de la primera etapa de la red de alcantarillado.
En 1950 empezó a funcionar en Villanueva el puesto de Salud en la oficina donde despachaba el alcalde, en el segundo piso de la alcaldía. Se trasladó al sitio donde se encuentra hoy en 1952, y en 1956 fue elevado a la categoría de Centro de Salud. En 1957 se inició la construcción y ampliación de las instalaciones para luego, el 15 de junio de 1958 ser inaugurado con el nombre Hospital Santo Tomás de Villanueva, con el doctor Juan Carlos Orozco Gamez como director.
En 1952 los habitantes de Villanueva conformaron un comité trabajo y solicitaron al doctor Pedro Castro Monsalvo, persona influyente en la Caja Agraria, que hicieran las gestiones pertinentes para que se le adjudicara a Villanueva una sucursal. El 12 de octubre de ese año fue inaugurada la Caja de Crédito Agrario Industrial y Minero en Villanueva siendo su primer director el samario Carlos Espárrago. Hasta ese momento los habitantes de la zona carecían de entidades crediticias, siendo la más cercana la sucursal de Valledupar. Por eso, esta dedición fue un impulso valioso para los agricultores, ganaderos, comerciantes y pequeños empresarios de toda la región.
En 1952 fue fundado el Colegio Liceo Colombia. En 1964 tendría la primaria aprobada y a la postre sería además de un excelente plantel educativo, el lugar en el que uno de los más ilustres ciudadanos de esta tierra desarrollaría su incansable labor de educador, el profesor Rafael Peñaloza dedicó toda su vida a este prestigioso plantel y a la preparación en todos los campos del saber de muchos villanueveros a los que desde muy pequeños se nos inculcó la importancia de los valores y la disciplina.
Fruto de una dura y persistente lucha librada por parte de muchos villanueveros progresistas
entre los que cabe mencionar al escritor y poeta don Rafael Antonio Amaya quién a pesar de ser propietario y fundador del Colegio Santo Tomás veía con claridad esta necesidad apremiante, y en unión con los que se batieron contra el desinterés de las autoridades centralistas y contra la idea absurda de soslayar la posibilidad de aumentar el acceso a la educación para los sectores populares, lograron que el 19 de Febrero de 1961, con la bendición del obispo Fray Vicente Roing y Villalba se colocara la primera piedra del Colegio Nacional Roque de Alba. El lote, de propiedad de la Sra. Blanca Martinez Quintero fue adquirido por la administración del alcalde José María López Baquero, luego de lograr el consenso del Consejo Municipal para aprobar la partida, con la gestión y el auspicio diligente de quién lo asumió con decisión y empuje: don Luís Beltrán Dangond Ovalle, sin duda, pieza fundamental en esta gran consecución. El colegio inicio labores educativas en 1964 por mandato de un acuerdo municipal, y al año siguiente fu declarado colegio nacional, siendo su primer rector, Don Rafael Antonio Amaya. El ‘Roque’ se estableció como la institución educativa por excelencia del sur de La Guajira, fuente imperecedera de bachilleres de varias generaciones de villanueveros, y en general de las poblaciones vecinas, que lo han honrado construyendo sociedad en base a los valores y principios que allí se imparten.
Con Gabriela Mantoya, una hermana de la comunidad capuchina, como fundadora y primera directora, y un profesorado ad honorem comenzó a funcionar en 1968 el Colegio Politécnico o Instituto de Promoción Social del Sur – Insprossur. Hasta 1982 funcionaría en donde hoy se encuentra el Hotel Guazara; fue trasladado al local del profesor Parra Paris en el Barrio Las Delicias. Hoy es un prestigioso plantel educativo con distintos énfasis que permiten a los alumnos salir con bases prácticas en varios campos del desarrollo técnico, y cuenta con una imponente sede propia al este del municipio.
En 1986 el Colegio Los Ángeles fue fundado por Ángela Eljaude Eddy Margarita Mendoza Daza con el objetivo de poner al servicio un plantel educativo sólido, serio, basado en valores cristianos y católicos, a la sociedad villanuevera que en ese momento no contaba con una oferta amplia de instituciones de educación primaria. EL objetivo se ha cumplido y el Colegio está posicionado hoy en día como uno de los mejores de la región.
En Villanueva desde el año 1979 anualmente se realiza el Festival Cuna de Acordeones. Ese año un grupo de inquietos alumnos del Colegio Nacional Roque de Alba le dieron forma a la expectativa, que existía hacía ya un tiempo, de complementar las fiestas patronales de septiembre con un evento que realzara 
la música autóctona, aprovechando por supuesto el inmenso potencial musical de la región. De hecho, años antes en 1971, con la misma inquietud se realizó un ‘proto-festival’ llamado “Festival folclórico patronal de Villanueva” cuyo director fue Publio Daza; sin embargo el festival no se siguió realizando luego de que el año siguiente se viera truncado por la noticia de la sentida muerte del ilustre comerciante Antonio Afanador Pinzón. Sólo hasta siete años después se organizaría de nuevo y luego de ser llamado en un principio “Festival de las piedras” evocando los pedregales que eran las calles del pueblo, finalmente fue bautizado Festival Cuna de Acordeones y tuvo un éxito rotundo.
La Fundación Cuna de Acordeones tiene a su cargo la realización del Festival. La directiva la eligen los miembros por votación y esta a su vez organiza los distintos comités coordinadores.
Este magno evento se realiza en razón de la importancia que tiene para nuestra cultura la música vallenata, y se fundamenta en buena parte en el propósito de preservar sus raíces folclóricas. Villanueva es tierra prolífica de músicos y compositores vallenatos, es cuna de acordeonistas; en su haber musical los exponentes de este formidable género se cuentan por dinastías y muchos de sus hijos están dentro de los más exitosos artistas del Vallenato, Los Hermanos Zuleta, Israel Romero, Jorge Celedon y Jean Carlos Centeno, entre muchos más lo confirman. En el festival se dan cita los máximos exponentes de esta expresión cultural y se premian a los acordeonistas en diferentes categorías, al los compositores, y a los improvisadores de la denominada piquería.
En el 2006 la plenaria del Senado aprobó la Ley 1052 de 2006, que declara Patrimonio Cultural y Artístico de la Nación, el Festival Cuna de Acordeones. De esta manera el Gobierno Nacional 
contribuirá al fomento, promoción, difusión, conservación, protección, desarrollo y financiación del patrimonio cultural material e inmaterial que se origine alrededor de este festival. Para lo cual incluirá en el Presupuesto General de la Nación las partidas presupuestales para concurrir al funcionamiento y logística de este evento; así como también al mantenimiento y dotación de la Escuela de Música Cuna de Acordeones, al diseño, construcción, dotación y mantenimiento de la Casa Museo Dinastías Musicales y a la construcción de un monumento simbólico en el Municipio de Villanueva.
Fuentes:
Villanueva tiene una extensión total: de 265 Km2, de los cuales corresponden al área urbana 3.2 Km2 y área rural 262.8 Km2. Cuenta con 159 Km2 de topografía quebrada y 106 Km2 de suelo planos. Está localizada a 170 Km de Riohacha, la Capital del Departamento de la Guajira, y a 50 Km de Valledupar la capital del Departamento del Cesar, por la carretera Nacional.
Manaure, la Paz de San Diego y Codazzi, en el departamento de Cesar. Tiene una superficie de 25.000 hectáreas, alcanzando altitudes desde 1.600 hasta 3.688 metros (cerro del Avión, Cesar). Esta altiplanicie formada por estratos casi horizontales, cortados por los profundos cauces de los ríos Villanueva, Manaure y Chiriamo. Junto con la Sierra Nevada de Santa Marta es la segunda fábrica de agua de la región Caribe; se han identificado 420 especies de aves que representan el 24% de las especies colombianas. Posee una alta diversidad de especies endémicas. 
Manaure, la Paz de San Diego y Codazzi, en el departamento de Cesar. Tiene una superficie de 25.000 hectáreas, alcanzando altitudes desde 1.600 hasta 3.688 metros (cerro del Avión, Cesar). Esta altiplanicie formada por estratos casi horizontales, cortados por los profundos cauces de los ríos Villanueva, Manaure y Chiriamo. Junto con la Sierra Nevada de Santa Marta es la segunda fábrica de agua de la región Caribe; se han identificado 420 especies de aves que representan el 24% de las especies colombianas. Posee una alta diversidad de especies endémicas. 
En él se encuentran bosques de niebla y andinos, lagunas y cuencas hidrográficas. Allí nacen 18 ríos, 13 en Colombia y 5 en Venezuela. Entre ellos está la principal fuente de agua del Municipio, el Río Villanueva, que nace en el Cerro Pintao, con una longitud de 43 Km, desde su nacimiento hasta el río Cesar donde desemboca. Estos ríos procedentes de la Serranía del Perijá, dan origen a balnearios de agua fría y cristalina en verano, y paisajes que atraen a propios y extraños, dentro de los que podemos mencionar entre otros a Castillo Escondido, a solo 15 minutos del casco urbano de Villanueva.
